جلسه دفاع از پایان نامه: آقای مصطفی هرسنی خیری: مهندسي بيوتكنولوژي
 خلاصه خبر: بهبود تولید باکتریوسین توسط باکتری لوکونوستوک مزنترویدس به کمک مدل متابولیکی مقیاس ژنوم و شناسایی ژنهای موثر
چکیدهرشد جمعیت جهان و جهانی سازی تجارت مواد غذایی باعث شده است كه شیوه های تولید غذا در مقیاس های بزرگ، نیازمند شبکه های حملونقل وسیعتر و مدت زمان ذخیره سازی بیشتر تا توزیع نهایی به مصرف كنندگان باشد. علاوه بر این، افزایش تقاضای مصرف كنندگان برای محصولات غذایی بدون مواد افزودنی شیمیایی، یک چالش دشوار برای تولیدكننده های مواد غذایی است. چنین تقاضایی فرصت های جدیدی را برای استفاده از ضد میکروبهای طبیعی تولیدشده از منابع گیاهی، حیوانی و میکروبی برای جلوگیری رشد ریزاندامگانهای نامطلوب در مواد غذایی ایجاد كرده است، تولید باكتریوسین ها نمونه ای از این مواد هستند. به منظور بهبود عملکرد فرآیند تولید باكتریوسین ها، درک دقیقتر از سوخت و ساز سلولی موردنیاز است. یکی از ابزارهای محاسباتی واكاوی سوخت و ساز سلولی، واكاوی شار متابولیکی است كه با استفاده از آن میتوان شارهای متابولیکی واكنش های درون سلولی را تعیین نمود. برای بهبود كارایی و بالا بردن دقت این ابزارها در این پژوهش اولین الگوریتم ادغام همزمان دادههای ترنسکریپتومیکس و كینتومیکس با مدل متابولیکی معرفی میشود. این دستاورد منجر به توزیع شار مناسب در مدل متابولیکی میشود و میتواند دقت پیشبینی نرخ رشد و تولید/مصرف متابولیت ها را بسیار بهتر كند حتی در شرایطی كه محدودیت های خارج سلولی لحاظ نمیشود. بعد از اعتبارسنجی الگوریتم با استفاده از دادههای آزمایشگاهی باكتری اشریشیا كولای و همچنین مقایسه پیشبینی ها با سایر الگوریتم های رایج، از این الگوریتم برای ایجاد توزیع شار مناسب در مدل متابولیکی باكتری لوكونوستوک مزنترویدس استفاده شد. واكنش های مؤثر بر تولید باكتریوسین نیز با استفاده از روش سنجش همبستگی پیرسون شناسایی شد. مهاركننده ها یا فعالكننده های مربوط به هر واكنش به دست آمده از پایگاه BRENDAبه محیط كشت لوكونوستوک مزنترویدس افزوده شد و با بررسی تأثیرات آن و غربالگری مواد و همچنین استفاده از طراحی آزمایش، میزان تولید باكتریوسین به میزان 2333برابر بهبود داده شد. 23 آذر 1398 / تعداد نمایش : 1150
|